Saat ini ia bermain untuk KS Dinamo Tirana, mengenakan kaus bernomor 14. Ia bermain terutama sebagai Bek. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 250K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Erzeni ke FC Dinamo City pada 2024-07-31.

Sepanjang Liga Super Albania 2025-2026, Bekim Maliqi tampil dalam 17 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.