Saat ini ia bermain untuk Atletico de Madrid B, mengenakan kaus bernomor 4. Ia bermain terutama sebagai Bek. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 800K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Atletico de Madrid U19 ke Atletico de Madrid B pada 2023-07-01.

Sepanjang RFEF Divisi Pertama Spanyol 2025-2026, Javier Boñar tampil dalam 24 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.