Di tingkat internasional, ia mewakili Bahama. Ia bermain terutama sebagai Bek.

Sepanjang Kualifikasi Piala Dunia (CONCACAF) 2026, Jonathan miller tampil dalam 4 pertandingan, dengan rata-rata 2.5 tekel, 2.3 intersepsi, dan 4 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.