Saat ini ia bermain untuk Serigala UPNFM, mengenakan kaus bernomor 8. Di tingkat internasional, ia mewakili Honduras U22. Ia bermain terutama sebagai Gelandang. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 150K .

Perpindahan terakhirnya adalah Pinjaman dari Lobos UPNFM ke CD Motagua pada 2026-06-30.

Dalam 24 penampilan di Divisi Pertama Honduras 2025-2026, jonathan nunez mencatatkan 2 gol dan 0 assist, sambil menyelesaikan 0 umpan kunci dari total 0 umpan dengan akurasi passing -.