Saat ini ia bermain untuk Magesi, mengenakan kaus bernomor 41. Ia bermain terutama sebagai Penyerang.

Pada musim Liga Utama Afrika Selatan 2025-2026, Wonderboy Makhubu mencetak 1 gol dan memberikan 1 assist dalam 15 penampilan, dengan rata-rata 0.1 gol per pertandingan dari 27 percobaan tembakan dan 10 tepat sasaran.